Первые микробиологические исследования в морских водоемах и океанах были проведены еще в прошлом столетии, однако они ограничивались сравнительно узкой задачей — установить наличие и состав бактерий в море.
Начало выяснения роли микроорганизмов в процессах круговорота веществ в водной массе мирового океана было положено работой Б.Л.Исаченко «Исследования над бактериями Северного Ледовитого океана», законченной в 1908 г., но вышедшей в свет лишь в 1914 г. Эта монография, содержащая разносторонние сведения о деятельности микроорганизмов в морских бассейнах, определила на многие годы направление микробиологических исследований морей и привела к возникновению морской микробиологии как самостоятельной научной дисциплины.